Na Třeboňsku se nachází 5 národních přírodních rezervací
Červené blato
Národní přírodní rezervace Červené blato má své kouzlo ve všech ročních obdobích. Nachází se zde rozlehlé rašeliniště s porosty borovice blatky a rojovníku bahenního a s vzácnou faunou bezobratlých živočichů.
Národní přírodní rezervace Stará řeka, která chrání necelých 10 km dlouhý úsek řeky Lužnice a okolní močálovité území se nachází v oblasti původního toku Lužnice s četnými tůněmi a slepými rameny.
